トイレや座席に様々な衛生上の問題があり、飛行機の衛生状態に不安を感じることがある。最近、ブリティッシュ・エアウェイズが「掃除なし」の実験を行い、さらには飛行機で使われる特定の物は使わない方が良いと言われている。特にブランケットや枕はほとんど交換されず、機内食をトレイテーブルで摂ることも菌を摂取するリスクがある。対策として、早い時間のフライトや前方の席を選ぶこと、自分のブランケットや枕を持参し、トレイテーブルや他の物を除菌することが勧められている。靴やくつ下も脱がない方が良いとされ、飛行機の床の汚れも指摘されている。